Die Stiftung widmet sich im Geiste ihres Patrons, Samuel Fischer, dem kulturellen, insbesondere literarischen Austausch zwischen den europäischen Gesellschaften und fördert die humanistische Kultur in der Tradition so bedeutender Autoren und Autorinnen wie Ilse Aichinger, Swetlana Alexijewitsch, Ivo Andrić, Imre Kertész oder
Thomas Mann.
Im Rahmen des kulturellen Austausches fördert die S. Fischer Stiftung seit 2003 Übersetzerinnen und Übersetzer deutschsprachiger Gegenwartsliteratur in der Ukraine, in Belarus, Ungarn, Polen, Russland und der Türkei. 2008 initiierte sie in privat-öffentlicher Partnerschaft das europäische Netzwerk für Literatur und Bücher, Traduki, und organisiert seit 2012, gemeinsam mit der Deutschen Akademie für Sprache und Dichtung, die Reihe Debates on Europe.
Zur Förderung literatur- und kulturhistorischer Forschungsprojekte vergibt die S. Fischer Stiftung jährlich mehrere Stipendien und stiftet, in Kooperation mit dem Freien Deutschen Hochstift Frankfurt und der Goethe-Universität Frankfurt, jährlich die Monika Schoeller Dozentur für literarisches Übersetzen.
In der Obhut der S. Fischer Stiftung befinden sich die Nachlässe und Urheberrechte u. a. von Wolfgang Hilbig, Hubert Fichte, Dieter Forte und der Fotografin Leonore Mau.